TreeLinkDesarrollo de un sistema de visualización e Integración de datos genómico.

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Consistió del desarrollo de una aplicación web que integrara datos de plantillas, grafos de evolución y secuencias de ADN y visualizara el resultado.

La aplicación permite una integración automática de conjuntos de datos con árboles filogenéticos, lo que resulta en visualizaciones anotadas que muestran la distribución de atributos de datos seleccionados en ramas y nodos.

Las secuencias genómicas y proteonómicas también pueden vincularse al árbol y extraerse de los nodos y hojas internas. Las visualizaciones comprenden el árbol filogenético, las etiquetas utilizadas para anotar el árbol y las anotaciones, que se pueden descargar como imágenes svg.

problema

Los árboles filogenéticos son fundamentales para una amplia gama de estudios biológicos. En muchos de estos estudios, los nodos de los árboles deben estar asociados con una variedad de atributos. Por ejemplo, en estudios relacionados con relaciones virales, los nodos de los árboles están asociados con información epidemiológica, como ubicación, edad y subtipo.

Los árboles genéticos utilizados en genómica comparativa generalmente están vinculados con información taxonómica, como anotaciones y eventos funcionales.

En el pasado se han desarrollado una gran variedad de herramientas de visualización y anotación de árboles, sin embargo, ninguna de ellas está destinada a un análisis integrativo y comparativo.

solución

Treelink se desarrolló como un software independiente de la plataforma para vincular conjuntos de datos y archivos de secuencias a árboles filogenéticos.

La aplicación permite una integración automatizada de conjuntos de datos a árboles para operaciones tales como clasificar un árbol basado en un campo o mostrar la distribución de atributos de datos seleccionados en ramas y hojas.

Las secuencias genómicas y proteonómicas también pueden vincularse al árbol y extraerse de los nodos internos y externos.

También se desarrolló un nuevo algoritmo de agrupamiento para simplificar los árboles y mostrar los clados más divergentes, donde la validación se puede lograr utilizando la función de integración y clasificación de datos.

La información geográfica integrada permite la reconstrucción de caracteres ancestrales para el trazado filogeográfico basado en algoritmos de parsimonia y probabilidad.

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Amanda Seyfried
Fundadora, Arcade Systems